A maioria dos sistemas de leitura de impressões digitais compara características específicas das impressões digitais, mais conhecidas como minúcias. Geralmente, investigadores e computadores concentram-se nos pontos onde as linhas dos sulcos terminam ou onde uma linha divide-se em duas (bifurcações). No geral, estas e outras características distintas são eventualmente chamadas de típicas.
O software do leitor utiliza algoritmos altamente complexos para reconhecer e analisar essas minúcias. A idéia básica é medir as posições relativas das minúcias da mesma maneira que se pode reconhecer uma parte do céu pela posição relativa das estrelas. Uma maneira simples de visualizar a idéia é considerar a forma de diferentes minúcias quando se desenha linhas retas entre elas. Se duas impressões tiverem três finais de sulcos e duas bifurcações, obtendo a mesma forma com as mesmas dimensões, há uma grande probabilidade de que eles sejam da mesma digital.
Para achar um par, o leitor não tem que encontrar o padrão inteiro de minúcias tanto na amostra quanto no registro. Ele simplesmente tem que encontrar um número suficiente de padrões que duas cópias tenham em comum. O número exato varia de acordo com a programação do leitor.