A maior crítica contra o PayPal é que ele age exatamente como um banco, mas não obedece à mesma regulamentação. Isso significa que o PayPal não oferece nenhuma proteção, ao contrário de um banco de verdade, não sendo exigido dele a segurança, atendimento ao cliente ou serviços de auxílio em processos, que um banco oferece. Ao mesmo tempo, o PayPal detém uma grande quantidade do dinheiro de seus clientes, faz milhões no mercado financeiro e até oferece cartão de crédito.
Então, por que não é considerado um banco? Em 2002, o Federal Deposit Insurance Corporation (FDIC) declarou que, como o PayPal não cumpre a definição federal de uma instituição que aceita depósitos como banco, não mantém nenhum dinheiro físico ou tem carta de clientes, não pode ser considerado um banco [ref. (em inglês)]. Em outras palavras, o PayPal não é um banco porque não denomina a si mesmo como banco. Como resultado, muitos estados licenciam o PayPal como "empréstimo financeiro".
Um dos problemas mais comuns encontrados pelos usuários do PayPal é o congelamento repentino e inexplicável de suas contas. Se sua conta no PayPal está congelada, você pode não conseguir movimentá-la e é obrigado a passar por um processo longo e complicado para checar sua identidade. Alguns usuários reclamam que o PayPal simplesmente se apropriou de seu dinheiro e nunca mais, devolveu.
Há casos de contas congeladas após solicitação de mudança de endereço. Aparentemente, ela pode ter sido a causa do hasteamento de uma bandeira vermelha que levou ao congelamento da conta, apesar de se seguir o procedimento recomendado para mudança endereço. Um telefonema do serviço de atendimento ao consumidor do PayPal pode resultar no congelamento da conta.
Relatos de funcionários do PayPal indicam que esse congelamento e descongelamento é arbitrário e não está sujeito a nenhum escrutínio sério. Também reclamam que executivos das empresas vêem esse processo como um fluxo de receita. Alguns acham que o PayPal pretende ganhar dinheiro para cobrir dívidas de fraudes através da captação de recursos de contas dos usuários [ref. (em inglês)].
Outras acusações contra o PayPal: